zaštitne skupine kod kojih je moguće odabirom reakcijskih uvjeta selektivno ukloniti jednu u prisutnosti druge ili više njih
Ortogonalne zaštitne skupine jesu primjerice acetil (Ac) i benzil (Bn). Acetil se uklanja u prisutnosti baze, a u tim se uvjetima ne može ukloniti benzilna zaštita. S druge strane, katalitičkom hidrogenolizom selektivno se uklanja benzil u prisutnosti acetila.